Les obstacles intermédiaires sont des facteurs qui provoquent des difficultés pour les animaux en migration ou les empêchent d'atteindre leur objectif. Des exemples d'obstacles intermédiaires comprennent les montagnes, les forêts, les déserts, les villes et les plans d'eau. Certaines de ces barrières bloquent la migration de certaines espèces alors qu’elles ne ralentissent pas du tout d’autres espèces. Par exemple, un grand désert peut empêcher les amphibiens ou les insectes de terminer leur migration tandis que les oiseaux le survolent.
Les oiseaux font partie des migrateurs les plus connus et ils sont particulièrement doués pour cette pratique. Parce que la plupart des oiseaux volent si bien qu’ils peuvent simplement franchir la plupart des obstacles. Cependant, tous les oiseaux ne peuvent pas traverser de grands océans et beaucoup sont limités à des endroits accessibles par voie terrestre. Les montagnes peuvent également constituer d’importantes barrières pour les oiseaux qui ne peuvent pas les survoler. Les villes et les rivières des déserts constituent des obstacles importants aux migrations des mammifères et ces derniers doivent souvent voyager beaucoup plus loin pour contourner ces obstacles.
Les humains peuvent également rencontrer des obstacles lors de leurs voyages migratoires. Les déserts et les montagnes sont particulièrement difficiles à traverser pour les humains, tandis que les forêts et les villes sont faciles à traverser. Au fil du temps, les humains ont souvent construit des colonies à proximité de caractéristiques aussi difficiles qu'un dernier arrêt où les voyageurs pouvaient se ravitailler et se reposer avant d'entreprendre des voyages difficiles.