Stephen Hawking souffre de sclérose latérale amyotrophique, plus communément appelée maladie de Lou Gehrig ou SLA. Bien qu'il ait reçu son diagnostic à l'âge de 21 ans, la gravité de ses symptômes a progressivement progressé au fil des décennies. Avant de perdre la plupart des fonctions du bas de son corps à cause de sa maladie, il a pu avoir trois enfants.
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La sclérose latérale amyotrophique est une maladie neurodégénérative qui entraîne la destruction progressive des cellules nerveuses du cerveau et de la moelle épinière, ce qui inhibe la capacité du cerveau à contrôler les mouvements des muscles. Cependant, comme ce fut le cas pour Stephen Hawking, la progression de la mort des cellules nerveuses peut être assez lente. La paralysie ne survient généralement qu’aux stades ultérieurs de la SLA.
Bien qu'il ait des difficultés à marcher et des difficultés d'élocution, Hawking s'est marié en 1965 et a eu son premier fils en 1967. Dans les années qui ont suivi, sa fonction physique a commencé à décliner encore plus au point qu'il était dépendant de béquilles et n'était plus capable d'écrire. Son deuxième enfant, une fille, est né à cette époque en 1970. Près d'une décennie plus tard, au cours de laquelle la parole et la fonction motrice de Hawking ont continué à se détériorer lentement. Le troisième et dernier enfant de Hawking, un autre fils, est né en 1979.
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À ce jour, son état a provoqué une paralysie presque complète et des difficultés respiratoires qui correspondent aux stades avancés de la SLA.